Flap operasyonu, diş eti hastalıklarına bağlı olarak dişlerin kök yüzeylerinin temizlenmesine rağmen, enfeksiyonun ve kemik yıkımının devam etmesi durumunda uygulanan tedavidir. Flap operasyonu kemik yıkımının ilerlediği durumlarda diş eti dokusu altındaki kemiğe doğrudan müdahale edebilmek ve oluşmuş diş eti ceplerini uzaklaştırmak amacıyla gerçekleştirilir.
Flap operasyonu yapılırken diş eti dokusu kaldırılır, cepler elimine edilir, kemik düzensizlikleri giderilir ve gerekli ise kemikte oluşmuş kayıplar giderilir. Bu kayıplar kemik tozları ve membranlar gibi biyomateryaller ile giderilir. Enfekte dokuların tamamen temizlenmesi ve diş kaybının giderilmesiyle birlikte diş eti tekrar kapatılır ve tedavi noktalanır. Tedavi sonrası düzenli kontrollerle ilk 2 hafta içerisinde iyileşme gözlemlenir.